Comparison of the ABC and ACMG systems for variant classification
2024 Sammenligning av to systemer for å klassifisere genetiske varianter.
Houge G, Bratland E, Aukrust I, Tveten K, Žukauskaitė G, Sansovic I, Brea-Fernández AJ, Mayer K, Paakkola T, McKenna C, Wright W, Markovic MK, Lildballe DL..et al.. European Society of Human Genetics 2024, may 22
Denne artikkelen sammenligner to systemer for klassifisering av genetiske varianter, dvs retningslinjer for å bestemme om en genetisk variant er patogen (sykdomsgivende) eller benign (normal). ACMG-systemet har vært det rådende systemet de siste 10 årene mens ABC-systemet nylig er utviklet. Ti varianter med utfordrende klassifisering ble sendt 43 forskjellige laboratorier og ble klassifisert etter både ACMG- og ABC retningslinjer.
Hovedfunnene i studien viser at det er høy grad av samsvar mellom de to systemene, men det er noen unntak. For eksempel feilklassifiserer ACMG-systemet lavpenetrante / hypomorfe varianter, dvs varianter med liten effekt, og varianter med høy bærerfrekvens i befolkningen som varianter av usikker betydning selv om de er patogene. Studien identifiserte også en utfordring med ACMG-retningslinjene, nemlig varierende bruk av kriteriene mellom laboratorier. Dette kan føre til ujevn klassifisering av genetiske varianter, noe som understreker behovet for mer standardisering av ACMG-systemet.
Studien antyder at selv om begge systemene er nyttige, kan ABC-systemet tilby mer nøyaktige og konsistente resultater for visse varianter.
Kristian Tveten
Doi: 10.1038/s41431-024-01617-8