2022 - En AT-repetisjon i MME-genet kan føre til feil resultat ved genetisk undersøkelse.

Bakgrunn:

Ved genetiske familieutredninger brukes ofte Sangersekvensering. Dette er en rimelig og effektiv metode for å undersøkelse spesifikke sekvensvarianter. I motsetning brukes dypsekvensering (Next-generation sequencing) ved undersøkelse av større deler av det genetiske materialet. Ved familieutredning av de to vanligste sykdomsgivende variantene i MME-genet (som gir nerveskade), har vi ved bruk av Sangersekvensering flere ganger mistenkt at svaret er feil basert på kliniske opplysninger og familiehistorie. Ved nærmere undersøkelse ser man at disse sekvensvariantene er plassert i nærheten av en AT-repetisjon. Denne AT-repetisjonen kan være kort (8-9 DNA repetisjoner) eller lang (13-15 DNA repetisjoner). Målet med denne studien var å undersøke om denne AT-repetisjonen kan være årsak til feil resultat (falskt negativt eller falskt positivt). 

Metode:

Registre ved Universitetssykehuset i Wien og Telemark Sykehus ble undersøkt for å identifisere personer og familier som har blitt diagnostisert med disse to MME-variantene. To ulike metoder for sekvensering, Sangersekvensering og dypsekvensering ble brukt for undersøke MME-genet hos disse personene nærmere. 

Resultat:

Avvikende resultat ble ved bruk av Sangersekvensering observert hos 7 av 28 MME-pasienter (25%). Alle personer med avvikende resultat var bærere av et DNA-allel med en kort AT-repetisjon og et DNA-allel med en lang AT-repetisjon. Hos personer med korrekt resultat var AT-repetisjonen enten kort eller lang på begge alleler. Undersøkelse av europeiske populasjonsdatabaser viser at ca. 33% er bærere av en kort og en lang AT-repetisjon.

Konklusjon:

I denne studien identifiserte vi at en liten økning i en AT-repetisjon kan gi avvikende resultat ved Sangersekvensering. Dette fører til feil diagnose, og har klinisk betydning for prognose og beregning av gjentagelsesrisiko hos familiemedlemmer. 

Helle Høyer

Doi: 10.1136/jmedgenet-2021-108281​